- Tại Điều 16 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định về xử phạt hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn:

“1. Phạt 20% số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế đã được miễn, giảm, hoàn cao hơn so với quy định đối với một trong các hành vi sau đây:

a) Khai sai căn cứ tính thuế hoặc số tiền thuế được khấu trừ hoặc xác định sai trường hợp được miễn, giảm, hoàn thuế dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn nhưng các nghiệp vụ kinh tế đã được phản ánh đầy đủ trên hệ thống sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ hợp pháp;

…

3. Trường hợp người nộp thuế có hành vi khai sai theo quy định tại điểm a, b, d khoản 1 Điều này nhưng không dẫn đến thiếu số thuế phải nộp, tăng số thuế được miễn, giảm hoặc chưa được hoàn thuế thì không bị xử phạt theo quy định tại Điều này mà xử phạt theo quy định tại khoản 3 Điều 12 Nghị định này.”;

- Tại Điều 4, Điều 19, Điều 31 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ (đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 70/2025/NĐ-CP ngày 20/3/2025 của Chính phủ) quy định quy định về hóa đơn, chứng từ (gọi tắt là Nghị định số 123/2020/NĐ-CP):

“Điều 4. Nguyên tắc lập, quản lý, sử dụng hóa đơn, chứng từ

…

2. Khi khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, khi thu thuế, phí, lệ phí, tổ chức, cá nhân khấu trừ thuế, tổ chức thu thuế, phí, lệ phí phải lập chứng từ khấu trừ thuế, biên lai thu thuế, phí, lệ phí giao cho người có thu nhập bị khấu trừ thuế, người nộp thuế, nộp phí, lệ phí và phải ghi đầy đủ các nội dung theo quy định tại Điều 32 Nghị định này. Trường hợp sử dụng chứng từ điện tử thì phải theo định dạng chuẩn dữ liệu của cơ quan thuế. Trường hợp cá nhân ủy quyền quyết toán thuế thì không cấp chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân.

Đối với cá nhân không ký hợp đồng lao động hoặc ký hợp đồng lao động dưới 03 tháng thì tổ chức, cá nhân trả thu nhập cấp chứng từ khấu trừ thuế cho mỗi lần khấu trừ thuế hoặc cấp một chứng từ khấu trừ cho nhiều lần khấu trừ thuế trong một năm tính thuế khi cá nhân yêu cầu. Đối với cá nhân ký hợp đồng lao động từ 03 tháng trở lên, tổ chức, cá nhân trả thu nhập chỉ cấp cho cá nhân một chứng từ khấu trừ thuế trong một năm tính thuế.

…

Điều 31. Thời điểm lập chứng từ

1. Tại thời điểm khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, thời điểm thu thuế, phí, lệ phí, tổ chức khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, tổ chức thu thuế, phí, lệ phí, phải lập chứng từ, biên lai giao cho người có thu nhập bị khấu trừ thuế, người nộp các khoản thuế, phí, lệ phí.

  …

Điều 19. Thay thế, điều chỉnh hóa đơn điện tử

1. Trường hợp phát hiện hóa đơn điện tử đã lập sai (bao gồm hóa đơn điện tử đã được cấp mã của cơ quan thuế, hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế đã gửi dữ liệu đến cơ quan thuế) thì người bán thực hiện xử lý như sau:

…

b) Trường hợp có sai: mã số thuế; sai về số tiền ghi trên hóa đơn, sai về thuế suất, tiền thuế hoặc hàng hóa ghi trên hóa đơn không đúng quy cách, chất lượng thì có thể lựa chọn điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn điện tử như sau:

b.1) Người bán lập hóa đơn điện tử điều chỉnh hóa đơn đã lập sai.

…

b.2) Người bán lập hóa đơn điện tử mới thay thế cho hóa đơn điện tử lập sai.

…”;

- Tại khoản 5 Điều 1 Nghị định số 174/2025NĐ- CP ngày 30/6/2025 của Chính phủ quy định chính sách giảm thuế giá trị gia tăng theo Nghị quyết số 204/2025/QH15 ngày 17 tháng 6 năm 2025 của Quốc hội quy định:

“5. Trường hợp cơ sở kinh doanh đã lập hóa đơn và đã kê khai theo mức thuế suất hoặc mức tỷ lệ % để tính thuế giá trị gia tăng chưa được giảm theo quy định tại Nghị định này thì người bán và người mua xử lý hóa đơn đã lập theo quy định pháp luật về hóa đơn, chứng từ. Căn cứ vào hóa đơn sau khi xử lý, người bán kê khai điều chỉnh thuế đầu ra, người mua kê khai điều chỉnh thuế đầu vào (nếu có).”;

- Tại khoản 6 Điều 23 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ quy định khấu trừ thuế giá trị gia tăng:

“6. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì được khai thuế trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế như sau:

a) Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót nếu việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn của tháng, quý đó; người nộp thuế phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc bị thu hồi số tiền thuế đã được hoàn tương ứng và nộp tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).

b) Người nộp thuế thực hiện khai vào tháng, quý phát hiện sai, sót nếu việc khai thuế được thực hiện vào tháng, quý phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển sang tháng, quý sau.”.

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp Công ty nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, đã lập hóa đơn và đã kê khai theo mức thuế suất 10% để tính thuế giá trị gia tăng chưa được giảm theo quy định tại Nghị định số 174/2025NĐ-CP thì người bán và người mua xử lý hóa đơn đã lập theo quy định tại Điều 19 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP. Căn cứ vào hóa đơn sau khi xử lý, người bán kê khai điều chỉnh thuế đầu ra, người mua kê khai điều chỉnh thuế đầu vào theo quy định tại khoản 6 Điều 23 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP nêu trên. Trường hợp Công ty có hành vi khai sai số tiền thuế được khấu trừ theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 16 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP thì bị xử phạt theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 16 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP nêu trên.

Về chứng từ khấu trừ thuế TNCN: Tại thời điểm khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, tổ chức khấu trừ thuế thu nhập cá nhân phải lập chứng từ giao cho người có thu nhập bị khấu trừ thuế theo quy định tại Điều 31 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP. Nguyên tắc lập, quản lý, sử dụng chứng từ được quy định tại khoản 2 Điều 4 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ nêu trên.